Die Regelklassen entsprechen dem System, wie es alle Gymnasien der Region anbieten. Der Stundenplan ist regelmässig und gleichbleibend übers ganze Jahr in Lektionen aufgebaut. Die Präsenz an der Schule entspricht der Stundentafel und Hausaufgaben oder Arbeitsaufträge werden ausserhalb der Schule erledigt. Tests sind ebenfalls regelmässig über das ganze Jahr verteilt.

Mit dem preisgekrönten Schulmodell GBplus beschreitet das Gymnasium Bäumlihof neue Wege: Das Schuljahr ist in Phasen gegliedert. Innerhalb einer Phase werden nur wenige Fächer nebeneinander unterrichtet. Der Fachunterricht in der Klasse ist reduziert, damit bleibt mehr Zeit für individuelles, begleitetes Lernen. Tests finden jeweils zum Abschluss einer Lernphase statt. Wir haben mittlerweile jahrelange Erfahrung mit individualisierten Lernformen - das kommt den Schülerinnen und Schülern zu Gute.

Der Ausbildungsgang Immersion am Gymnasium Bäumlihof führt zum Abschluss Mehrsprachige Maturität Deutsch-Englisch und schafft eine fundierte Grundlage für ein Studium in einem globalen Umfeld. Englisch wird dabei zur selbstverständlichen Arbeits- und Denksprache – sowohl wissenschaftlich als auch kreativ.

Leistungssportlerinnen und -sportler können mit Empfehlung ihres Verbandes die Sportklassen besuchen. Diese werden im System GBplus geführt. Individuelle Freistellungen werden für weitere Trainingseinheiten gewährt. Auch Musikerinnen und Musiker sind in den Sportklassen willkommen, wenn sie über eine Empfehlung der Musikschule der Musik-Akademie Basel verfügen.